Covid-19 : remontée en France

Publié par jfl-seronet le 01.07.2022
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ThérapeutiqueCovid-19

L'été commence et la Covid-19 remonte en Europe. Avec l’arrivée de l’été, on assiste en France aussi à une nouvelle remontée de l’épidémie ; une nouvelle vague largement alimentée par les sous-variants d’Omicron : BA.4 et surtout BA.5, qui se propagent d'autant plus rapidement qu'ils semblent bénéficier d'un double avantage de contagiosité et d'échappement immunitaire.

Remontée des cas

De nombreux pays européens sont confrontés depuis quelques semaines (mai et juin) à une nouvelle accélération des contaminations. Premier touché, le Portugal a connu, en mai, une augmentation marquée des nouveaux cas, qui a culminé début juin à près de 30 000 infections par jour. La vague a, depuis, commencé à refluer. Au Royaume-Uni, les infections quotidiennes sont de nouveau quasiment au plus haut depuis le début de la pandémie. Également affectée, l'Italie a comptabilisé 30 526 nouveaux cas en 24h (de samedi à dimanche), avec une augmentation de 63,4 % en sept jours, selon le dernier rapport du ministère de la Santé (mi-juin). L'Allemagne subit le même sort. Et la France n'est pas en reste, avec une circulation du Sars-CoV-2 qui s'est accélérée depuis une dizaine de jours en métropole, et un rythme de contaminations désormais au-delà de 44 000 cas (en moyenne sur sept jours), selon les données de Santé publique France.

Les causes

La reprise en Europe s'explique par la conjonction de deux effets, a expliqué à l'AFP Mircea T. Sofonea, maître de conférences en épidémiologie à l'université de Montpellier. D'une part, un « déclin immunitaire », c'est-à-dire que « la protection conférée par une infection ou une dose de vaccin décroît avec le temps ». Dans une interview publiée sur le site The Conversation le 20 juin, l’épidémiologiste expliquait aussi à propos de la remontée des cas constatée en France : « Un second mécanisme est aussi à l’œuvre dans l’Hexagone : l’immunité anti-Sars-CoV-2 — essentiellement hybride, c’est-à-dire à la fois post-vaccinale et post-infectieuse — décline avec le temps depuis le dernier événement immunogène (qu’il s’agisse d’une infection ou de la vaccination). Si la protection conférée par une infection Omicron ou une 3e dose de vaccin reste notable après cinq mois vis-à-vis d’une forme grave, elle est revanche très diminuée vis-à-vis d’une infection quelconque. La susceptibilité de la population au virus (c’est-à-dire le pendant de l’immunité collective), se reconstitue donc avec le temps, ouvrant à terme la possibilité d’une reprise épidémique. En résumé, BA.4 et BA.5 se propagent à la faveur du vieillissement de notre immunité, et le font plus rapidement que BA.2 [le sous-variant qui dominait précédemment, ndlr], car ils bénéficient d’un double avantage de contagiosité et d’échappement immunitaire. BA.4 et BA.5 induisent donc une vague plus tôt que BA.2 ne l’aurait fait ».

D'autre part, l'arrivée de nouveaux sous-lignages d'Omicron, BA.4 et surtout BA.5, qui se propagent plus rapidement parce qu’ils sont plus contaminants et que les vaccins actuels semblent moins fonctionner sur eux. « On est face à une évolution continuelle du virus, qui rencontre des personnes ayant déjà des anticorps — parce qu'elles ont été infectées auparavant ou vaccinées — et qui doit avoir un avantage sélectif pour parvenir à se faufiler », décrypte, pour sa part, Olivier Schwartz, directeur de l'unité Virus et Immunité de l'Institut Pasteur. « BA.5, et dans une moindre mesure BA.4, sont en train de se propager en Europe », ajoute-t-il. Or « des données épidémiologiques montrent qu'il serait 10 % plus contagieux que BA.2, c'est la raison pour laquelle il prend le dessus ».

Vers une hausse des hospitalisations ?

Sur la sévérité du sous-variant BA.5, « il est prématuré de se prononcer, en l'absence de données cliniques fermement établies », estime prudemment Olivier Schwartz. Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a jugé, mi-juin, que, sur la base de données encore limitées, « il n'y a aucune preuve que BA.4 et BA.5 soient associés à une gravité accrue de l'infection par rapport aux variantes circulantes BA.1 et BA.2 ».  Cependant, comme lors des vagues précédentes, une augmentation globale des cas de Covid-19 peut entraîner une augmentation des hospitalisations, des admissions en soins critiques et des décès, a prévenu le Centre. La population européenne est dans l'ensemble fortement immunisée grâce aux vaccins et infections passées. Cela lui confère une protection a priori plus forte contre le risque d'une forme grave de la maladie que contre le risque d'une nouvelle infection, ce qui devrait limiter l'ampleur du rebond des hospitalisations, pointe l’AFP. En France, la « reprise épidémique modérée » des dernières semaines (le nombre de cas a plus que doublé en trois semaines, données au 16 juin) « s'accompagne d'une petite reprise des hospitalisations » et risque d'entraîner « une hausse décalée dans le temps » des entrées en soins critiques et des décès, a indiqué (21 juin)  le Pr Alain Fischer, président du Conseil d'orientation de la stratégie vaccinale.

Mesures pour l'été

L'ECDC a appelé les pays européens à « rester vigilants », en maintenant des systèmes de tests et de surveillance. « On s'attend à ce que des doses de rappel (de vaccin) supplémentaires soient nécessaires pour les groupes les plus à risque de maladie grave, en prévision des futures vagues », a-t-il estimé. Certains pays ont déjà annoncé de nouvelles mesures. L'Italie a ainsi décidé, mi-juin, de prolonger l’obligation de porter des masques FFP2 dans les transports publics (sauf dans les avions) jusqu'au 30 septembre. Le président allemand de l'Association médicale mondiale, Frank Ulrich Montgomery, a, lui, prôné l'adoption rapide d'une « boîte à outils » avec masque, vaccination et limitation des contacts.

Rappel de la vaccination

Un quart des personnes éligibles ont reçu leur second rappel vaccinal contre la Covid, un taux « clairement insuffisant » selon le gouvernement, qui a appelé mardi 21 juin les personnes les plus âgées à recevoir l'injection « le plus vite possible », alors qu'une « reprise épidémique modérée » s'amorce. « Ça ne va pas assez vite, il n'y a pas suffisamment de gens qui viennent se faire vacciner », s'est inquiété le ministère de la Santé, lors d'un point presse. À ce jour, moins de 2,2 millions de doses de seconds rappels ont été injectées, sur plus de 8,7 millions de personnes éligibles — essentiellement les plus de 60 ans, ainsi que les personnes immunodéprimées. Pourtant, avec presque 200 000 « quatrième dose », la semaine du 13 au 19 juin a été la plus prolifique depuis le lancement de la campagne mi-mars. Mais la règle des six mois depuis le premier rappel fait gonfler en parallèle la population éligible, qui dépassera les 9 millions début juillet. L'inquiétude est particulièrement vive pour les résidents-es d'Ehpad (48 % d'éligibles vaccinés-es) et les autres personnes de plus de 80 ans (31%), qui doivent « se faire vacciner le plus vite possible pour passer l'été et l'automne sereinement », a insisté le ministère.  Pointant également « des taux de vaccination clairement insuffisants », le Pr Alain Fischer a souligné que la « diminution significative » de la protection générée par le premier rappel « justifie pleinement » une nouvelle dose chez les plus âgés-es pour « les protéger des formes graves jusqu'à l'automne ».

Masque dans les transports

La circulation de la Covid-19 s'accélère, de nouveau en France, avec un rythme d’infections désormais au-delà de 44 000 cas par jour. Dans ce contexte, l'immunologue Alain Fischer a évoqué (22 juin) lors d’une interview sur France 2, le retour de l'obligation de porter le masque dans les transports en commun. « Je pense que dans les transports collectifs, c'est probablement raisonnable », a-t-il expliqué. « Certainement pour les personnes fragiles, et probablement pour l'ensemble de la population, parce que c'est une mesure de protection collective et en faisant le petit effort de porter le masque on contribue à protéger les personnes fragiles », a argumenté le professeur. De son côté, Santé publique France rappelait récemment : « Dans le contexte d'une progression de la circulation du Sars-CoV-2 et d'une moindre adoption systématique des mesures de prévention, l'application des gestes barrières est essentielle pour limiter la diffusion de l'épidémie et protéger les populations les plus vulnérables ».

Moderna et les sous-variants

Moderna a affirmé (22 juin) que son nouveau candidat vaccin de rappel contre la Covid-19 était efficace contre les derniers sous-variants d'Omicron. L'entreprise américaine de biotechnologie avait récemment annoncé que son vaccin dit « bivalent » (visant à la fois la souche initiale du virus et le variant Omicron) avait de meilleurs résultats contre les deux que son vaccin d'origine, baptisé Spikevax.  Dans de nouveaux résultats d'une étude clinique, la firme pharmaceutique a indiqué que le rappel avait également bien fonctionné contre BA.4 et BA.5, les derniers sous-variants d'Omicron qui deviennent dominants en France du fait de leur capacité accrue à échapper à l'immunité antérieure et à leur meilleure transmissibilité. Le rappel bivalent a suscité des niveaux élevés d'anticorps bloquant l'infection contre BA.4 et BA.5, à la fois chez les personnes précédemment infectées et celles non infectées auparavant. « Nous soumettrons ces données aux régulateurs de toute urgence et nous nous préparons à fournir notre rappel bivalent de nouvelle génération à partir d'août, avant une augmentation potentielle des infections par le Sars-CoV-2 due aux sous-variants d'Omicron au début de l'automne », a expliqué le PDG de Moderna dans un communiqué, cité par l’AFP.

Tests en hausse, prix en baisse

Bond et rebond. Le nombre de dépistages de la Covid-19 a augmenté de 25 % (semaine du 13 juin), selon des données du ministère de la Santé. Ce dernier vient d’ailleurs de baisser les tarifs des tests PCR. Avec plus de 1,6 million de tests PCR et antigéniques validés entre le 13 et le 19 juin, l'activité de dépistage est donc « de nouveau en forte hausse », indique la direction des statistiques des ministères sociaux (Drees) dans un communiqué. Cette tendance à la hausse des dépistages est calquée sur l'épidémie de Covid, en pleine reprise également : le nombre d’infections a triplé en trois semaines, de moins de 18 000 par jour fin mai à plus de 54 000 en date du 22 juin. « Les contaminations remontent », et s'il faut « par exemple, considérer un retour du masque dans les transports (...) on ne s’interdit rien », a réagi jeudi 23 juin sur Franceinfo la porte-parole du gouvernement, Olivia Grégoire, assurant que l'exécutif « saisirait les autorités sanitaires (...) si cette question devait se poser dans les prochaines semaines ».  En attendant, le ministère de la Santé a décidé de « rétablir les tarifs de droit commun »pour les tests PCR, en réduisant d'environ quatre euros le montant payé aux soignants-es libéraux-les pour les prélèvements nasopharyngés, selon un arrêté publié le 23 juin au Journal officiel.

Autriche : fin de la vaccination obligatoire

Le gouvernement autrichien a annoncé jeudi 23 juin l’abandon total de sa politique de vaccination obligatoire contre la Covid-19, après l’avoir déjà suspendue en mars dernier, un mois à peine après son entrée en vigueur. « Il faut désormais vivre avec la Covid, nous allons donc mettre en œuvre une série de mesures, ce qui signifie la fin de la vaccination obligatoire », a déclaré le ministre de la Santé Johannes Rauch en conférence de presse, cité par l’AFP. La stratégie « avait été mise en place dans un contexte différent », avec des unités hospitalières surchargées, a-t-il souligné. Cette loi n’est pas jugée par la commission d’experts-es « nécessaire, que ce soit d’un point du vue médical ou constitutionnel », et a créé « une profonde division au sein de la société autrichienne », a expliqué le ministre. Actuellement, quelque 62 % de la population dispose d’un certificat de vaccination valide, un taux qui place l’Autriche en retrait de nombreux pays d’Europe de l’Ouest. Le pays alpin déplore plus de 18 700 décès depuis l’émergence de la pandémie.

20 millions de morts évitées

La vaccination contre la Covid-19 a permis d'éviter 19,8 millions de décès sur un potentiel de 31,4 millions au cours de la première année suivant l'introduction des vaccins , avance une vaste étude de modélisation — la première du genre — publiée le 24 juin dernier dans The Lancet Infectious Diseases. Le travail s’appuie sur des données provenant de 185 pays et territoires, du 8 décembre 2020 au 8 décembre 2021. L’étude est la première à tenter d'évaluer les décès évités directement et indirectement à la suite de la vaccination contre la Covid-19. Pour cela, elle a utilisé les données officielles relatives aux morts par la Covid, mais aussi le total des décès excédentaires de chaque pays (ou des estimations quand les données officielles n'étaient pas disponibles). L'excès de mortalité correspond à l'écart entre le nombre de personnes décédées – quelle que soit la cause de leur mort – et le nombre de morts attendues à partir des données passées. Lorsque les données officielles n'étaient pas disponibles, l'équipe a utilisé des estimations de la surmortalité toutes causes confondues, détaille l’AFP. Ces analyses ont été comparées à un scénario hypothétique alternatif dans lequel aucun vaccin n'aurait été administré. Le modèle a tenu compte de la variation des taux de vaccination d’un pays à l’autre et des différences dans l'efficacité des vaccins dans chaque pays en fonction des types de vaccins connus pour avoir été principalement utilisés dans ces régions. Selon cette étude, les pays à revenu élevé et intermédiaire ont représenté le plus grand nombre de décès évités (12,2 millions sur 19,8 millions), ce qui traduit les inégalités dans l'accès aux vaccins dans le monde. Près de 600 000 décès supplémentaires auraient pu être évités si l'objectif de l’OMS de vacciner 40 % de la population de chaque pays d'ici la fin de 2021 avait été atteint, conclut-elle. « Nos résultats montrent que des millions de vies ont probablement été sauvées en mettant des vaccins à la disposition des gens partout dans le monde », a expliqué le Dr Oliver Watson, auteur principal de l'étude, de l'Imperial College de Londres, cité dans le communiqué de la revue. « Cependant, on aurait pu faire plus. »

Valneva : avis positif

La firme pharmaceutique Valneva a annoncé (23 juin) avoir reçu un avis positif du Comité des médicaments à usage humain (CHMP) de l'Agence européenne des médicaments (EMA), pour une autorisation de mise sur le marché en Europe de son candidat vaccin inactivé contre la Covid-19.  L'autorisation concerne une utilisation de ce vaccin comme primovaccination chez les adultes âgés-es de 18 à 55 ans, a indiqué le laboratoire dans un communiqué.  La Commission européenne doit se prononcer prochainement sur cette recommandation qui pourrait déboucher sur une commande de vaccins. « Nous espérons que la Commission européenne et ses États membres reconnaîtront les avantages potentiels d'un vaccin inactivé et passeront une commande assez significative », a indiqué le directeur général du labo dans un communiqué, cité par Reuters.

Vaccin et formes sévères

La vaccination contre la Covid-19 est efficace pour prévenir les formes graves de la maladie ; ceci est démontré dans toutes les études scientifiques, explique un communiqué de l’Inserm (15 juin). Cependant, dans de très rares cas, des personnes vaccinées avec deux doses ont été hospitalisées suite à une infection par le Sars CoV-2. Des chercheurs-ses de l’Inserm, de l’AP-HP et enseignants-es-chercheurs-ses d’Université Paris Cité/Institut Imagine ont cherché quelle en était la raison ? Pour ce faire, ils-elles ont mené des travaux qui mettent en évidence un déficit immunologique chez une partie de ces patients-es. Les scientifiques montrent, en effet, que 24 % de ces personnes présentent des auto-anticorps qui neutralisent l’action des interférons de type 1, des protéines qui constituent la première barrière immunologique contre les virus. Les résultats de leurs travaux ont été publiés dans le journal Science Immunology. Depuis les débuts de la pandémie de Covid-19, de nombreux-ses chercheurs-ses se sont intéressés-es à une question cruciale : comment expliquer que certains patients infectés par le Sars CoV-2ne présentent aucun symptôme alors que d’autres développent une pneumopathie pouvant aller jusqu’au décès ? Cette interrogation a fait l’objet de recherches rigoureuses. Des travaux qui ont débouché sur des publications montrant notamment qu’environ 20 % des cas de pneumopathies graves suite à une infection par le Sars-CoV-2 s’expliquent par des anomalies génétiques (5 % des cas) et immunologiques (14 % des cas) qui fragilisent la réponse immunitaire portée par les interférons de type I, indique la communication de l’Inserm. Les interférons de type 1 (IFN 1) sont un groupe de 17 protéines habituellement produites de manière rapide par les cellules de l’organisme en réponse à une infection virale et ayant pour principal effet d’inhiber la réplication du virus dans les cellules infectées. Il en existe plusieurs types, répartis en plusieurs familles : alphas, bêta, oméga, kappa et epsilon, poursuit l’institut de recherche. Par ailleurs, on parle d’auto-anticorps quand des anticorps s’attaquent aux propres cellules de l’organisme d’une personne. Chez certains-es patients-es atteints-es de formes sévères de Covid-19, des auto-anticorps dirigés contre les interférons de type 1 ont été retrouvés. Neutralisant l’action des IFN 1, ces auto-anticorps empêchent donc l’organisme de bien se défendre contre le virus. Les vaccins ARNm (ARN messager) contre la Covid-19 sont très efficaces pour prévenir les formes graves de la maladie, et notamment pour réduire le risque de pneumopathie, comme l’attestent de nombreuses études. Cependant, il peut arriver que dans de très rares cas, certaines personnes vaccinées soient infectées par le Sars-CoV-2 et développent des formes sévères de la maladie, nécessitant une hospitalisation.

Des chercheurs-ses ont recruté dans une étude 48 personnes âgées de 20 à 80 ans ayant fait une forme sévère à critique suite à une infection par le variant delta, malgré un schéma vaccinal complet par vaccin à ARNm. La première étape a consisté à vérifier que le vaccin avait bien été efficace chez ces personnes, c’est-à-dire que l’organisme y avait répondu en produisant un bon taux d’anticorps anti Sars-CoV-2. L’idée était ainsi d’écarter les formes sévères ayant pu se développer suite à un échec de la vaccination, afin d’isoler et identifier d’autres facteurs. Pour différentes raisons (infection par le VIH, présence de lymphome, prise de traitements immunosuppresseurs, etc.), six personnes avaient une réponse vaccinale défectueuse et ont donc été exclues de l’étude. Les chercheurs-ses ont recherché la présence d’auto-anticorps anti-interférons de type 1 (IFN-1) chez les 42 personnes restantes dans l’essai. Différents tests ont été réalisés pour mesurer le taux d’auto-anticorps anti IFN-1 et ainsi que leur caractère neutralisant. L’analyse des données collectées indiquent que 24 % des 42 personnes considérées présentaient des anticorps qui étaient en mesure de neutraliser les interférons de type 1. Hormis cette particularité, ces personnes ne présentaient pas d’autres déficits immunologiques et n’avaient aucun historique d’infection virale sévère. Il est intéressant de noter que même si ces patients ont développé une forme sévère de Covid-19, aucune n’a abouti au décès. Or dans la population non vaccinée, 20 % des personnes qui décèdent présentent des auto-anticorps anti-interférons de type 1. On peut donc supposer que la vaccination a eu un effet même si elle n’est pas parvenue à empêcher le développement de la maladie, expliquent les scientifiques. Pour aller plus loin dans la compréhension des mécanismes biologiques sous-jacents, des études moléculaires approfondies ont permis aux chercheurs-ses d’identifier les sous-types d’auto-anticorps concernés, montrant qu’il s’agissait principalement d’auto-anticorps anti-alpha2 et/ou anti-oméga. Ces résultats permettent donc d’expliquer pourquoi certaines personnes vaccinées, présentant des taux d’anticorps élevés contre le Sars-CoV-2, peuvent néanmoins développer des formes graves, précise le communiqué de l’Inserm. Si le phénomène demeure très rare, il n’en reste pas moins important d’acquérir des connaissances solides sur le sujet afin d’adapter les stratégies de prévention et de prise en charge des patients-es.