Mutations : un traçage plus précis

23 Juin 2021
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Traquer les mutations du virus de la Covid-19 de façon « plus précise » et « plus réactive », voilà ce qui est lancé pour endiguer la progression de formes préoccupantes du coronavirus sur le territoire français. « Aujourd’hui, on observe une variété croissante de variants, qui font que rechercher spécifiquement un, deux ou trois variants ne répond plus au besoin de surveillance de la problématique variants du Sars-CoV-2 », a expliqué jeudi 10 juin une responsable de Santé publique France. « Tout test positif doit toujours donner lieu à un criblage », mais l’idée est désormais « de suivre des mutations d’intérêt qui sont retrouvées dans un nombre important de variants », a poursuivi Sibylle Bernard-Stoecklin de la direction des maladies infectieuses de l’agence publique de santé. Le criblage consiste à utiliser des kits de dépistage particuliers, qui passent au « crible » les tests PCR positifs pour savoir si le-la patient-e est porteur-se d’une forme préoccupante du virus Sars-CoV-2. Cette méthode a été mise en place en janvier dernier, pour repérer l’émergence du variant « Alpha » (anciennement variant anglais), identifié pour la première fois au Royaume-Uni en décembre 2020 et désormais majoritaire dans les diagnostics positifs en France, précise l’AFP. Les kits utilisés ont ensuite été adaptés pour détecter les variants préoccupants « Bêta » (repéré pour la première fois en Afrique du Sud) et « Gamma » (qui a émergé au Brésil), avant l’arrivée du variant « Delta » (sous-lignée du virus venue d’Inde). Cette stratégie permet d’obtenir des résultats plus rapidement que par le séquençage, ce dernier consiste à analyser l’ensemble de l’ARN du virus, mais elle comporte des limites. Premier obstacle : les laboratoires d’analyse français sont équipés de kits différents, qui ne détectent pas tous les mêmes mutations. Par ailleurs, un résultat positif signifie la « suspicion » de la présence d’un variant préoccupant, mais seul un séquençage permet de s’en assurer. Enfin, une même mutation pouvant être présente sur plusieurs variants, un même résultat de criblage pouvait être attribué à des variants différents selon les laboratoires. Depuis fin mai, les laboratoires ont commencé à s’équiper avec les nouveaux kits de criblage, qui deviendront les seuls autorisés à partir de la mi-juin. Santé publique France a cessé dès le 10 juin de publier la répartition des variants sur le territoire selon l’ancienne méthode, pour passer à la nouvelle nomenclature. Trois mutations ont été retenues, appelées E484K, E484Q et L452R.  Présentes notamment sur les variants « Bêta », « Gamma » et « Delta », elles sont considérées « d’’intérêt » car elles peuvent avoir un impact sur l’échappement immunitaire, la transmissibilité ou encore la gravité de l’infection. La liste se limite à trois car « plus on ajoute de mutations dans un kit de criblage, plus la sensibilité diminue », a souligné Sibylle Bernard-Stoecklin.